Nos séculos seguintes, deram-se as alterações mais marcantes, com a construção da Capela de Bartolomeu Joanes (uma capela privada de carácter funerário), o claustro dionisino e, especialmente, a nova cabeceira com deambulatório, mandada construir por D. Afonso IV para seu panteão familiar que constitui o mais importante capítulo gótico entre Alcobaça e a Batalha.
Ao longo da Idade Moderna o edifício foi objecto de enriquecimentos arquitectónicos e artísticos vários, como o testemunha a Sacristia, ou a grandiosa capela-mor barroca, mas a grande parte destas obras foi suprimida nas duas campanhas de restauro da primeira metade do século XX, cujo objectivo foi a "restituição" da atmosfera medieval a todo o conjunto.
Nos primeiros anos de Novecentos, Augusto Fuschini pretendeu reinventar uma catedral medieval, com laivos de fantasia neo-gótica e neo-clássica. A sua morte, em 1911, veio determinar o abandono do projecto. Nas décadas seguintes, sob o impulso de António do Couto Abreu, o restauro da Sé privilegiou as estruturas pré-existentes, dotando o edifício de um aspecto neo-românico evidente, cuja inauguração solene foi efectuada em 1940.
Será de referir que a Capela de SANTIAGO se situava onde se encontra o retábulo de Nossa Senhora a Grande - flanqueia o Arco Triunfal do lado oposto ao dedicado a Nossa Senhora Grande -, e junto à qual se fez sepultar, D. Álvaro, em 1184, talvez o seu instituidor, sendo por isso o primeiro local de culto a S. Tiago Maior na cidade de Lisboa.
Fontes:
- BEIRÃO, Sarah - Monumentos da Capital. Revista Municipal. Lisboa: Câmara Municipal de Lisboa, 1943, n.º 15, pp. 69-72;
- CASTRO, João Bautista de - Mappa de Portugal Antigo e Moderno. 3.ª ed., Lisboa: Typographia do Panorama, 1870, tomo III;
- CASTRO e SOUSA, António Dâmaso de - Monografia da Igreja Matriz da cidade de Lisboa. Boletim Architectónico e de Arqueologia. Lisboa: Real Associação dos Arquitetos Civis e Arqueólogos Portugueses, 1875-1876, tomo I, n.º 5 a 9;
- COSTA, António Carvalho da - Corografia Portugueza... 2.ª ed., Braga: Typographia de Domingos Gonçalves Gouveia, 1869, pp. 240-241;
- CUNHA, Rodrigo da - História Ecclesiastica da Igreja de Lisboa... Lisboa: Manoel da Sylva, 1642, vol. I;
- FERNANDES, Paulo Almeida - O sítio da Sé de Lisboa antes da Reconquista. ARTIS. Lisboa: Instituto de História da Arte da Faculdade de Letras de Lisboa, 2002, n.º 1, pp. 57-87;
- FONSECA, Martinho da - A Sé de Lisboa e Augusto Fuschini. Lisboa: 1912;
- FUSCHINI, Augusto - A Architectura Religiosa da Edade-Média. Lisboa: Imprensa Nacional, 1904;
- GASCO, António Coelho - Das Antiguidades de Muy Nobre Cidade de Lisboa... . Coimbra: Imprensa da Universidade, 1924;
